截止2018年，MUGEN已经拥有20年左右的历史，在主程序上除官方版本之外，不乏民间仿制的克隆版本，这里总结一下
从Dos到Windows
1999年，Elecbyte发布了MUGEN的第一个版本（Dos），其版本号为9x.06.27
Dos版的MUGEN直到2001年发布0414版和Linux版后便停止更新，Elecbyte第一次沉寂
想在Windows上体验Dos版MUGEN，必须在Dosbox上安装Windows 3.2，再在Windows 3.2中运行MUGEN
2003年，WinMUGEN泄露，Win版是MUGEN登上Windows的第一个版本，由于Elecbyte给予捐赠用户内测的权利而导致有人违约泄露
泄露的内测版带有很多限制，比如最多只能有两个人物进行对战，每次运行最高10分钟，有些模式不允许使用等等
同年，名为Elecbyte 1的人公开了第一个被破解的WinMUGEN，之后，Elecbyte关闭网站，同时宣布在开发上遇到瓶颈
2004年，rouhei正式发布WinMUGEN无限制版，去除了大部分的限制，也就是如今常用的Win版
2007年，基于WinMUGEN修改的支持高分辨率Select的版本发布，同年Elecbyte网站恢复
诞生与沉寂
2009年，Elecbyte开始制作1.0的预发布版（RC），最高预发布版本号为RC8，我们所说的1.0RC其实是1.0正式版之前的公测版
直到2011年，MUGEN 1.0正式发布，也是唯一的正式版本，1.0主要的更新是摈弃了Win所用的Allegro，而选择了更稳定的SDL库来开发，同时支持了更先进的绘画引擎，功能也更加完整
之后，Elecbyte开始制作1.1，其测试版本共有四个，即Alpha1-Alpha4，我们所说的1.1A其实说的就是Alpha版本
2013年，1.1Beta1发布，是第一个公测版本，在画面上有很大的进步，完全支持了OpenGL，并添加了镜头效果
2015年，Elecbyte第二次沉寂，网站返回403
IKEMEN
Ikemen项目在OSDN建立的时间是2013年1月28日，制作者是日本人supersuehiro，但实际上Ikemen的创建时间可以追溯到2010年1月25日
它克隆于MUGEN并且实现了联机，并且它是开源的，Ikemen使用的是supersuehiro自研的S-SIZE语言开发的
从此Ikemen开始了长达7年的更新，最后在2017年5月14日后停更，Ikemen的还原度极高，可以运行大部分MUGEN人物，联机功能也很完整，是目前最好的克隆版本，但IKEMEN目前还不支持MUGEN画面包，如果需要自定义界面仍然需要使用编程语言
Ikemen项目地址：https://zh.osdn.net/users/supersuehiro/pf/ikemen/wiki/FrontPage
Ikemen虽然停更了，但是它的开源项目在停更几个月后就被K4thos接手了，也就是Ikemen的新分支——IkemenPlus
IkemenPlus添加了许多方便的功能，让Ikemen更像MUGEN了，同时它的自带的界面看起来也和1.0一样了，最后更新截止2017年末
制作者在2018年6月宣布IkemenPlus项目将不再更新，Github上的项目也被删除，最后版本为v0.3
IkemenPus备份：https://gitee.com/ecx/Ikemen-Plus/
然而，Ikemen的旅途并没有结束，原作者supersuehiro开启了一个新的项目：Ikemen-Go，项目建立时间为2017年2月14日，它基于Go语言开发，解决了S-SIZE语言不为人知的局限
Ikemen-Go最后更新于2018年1月9日，目前并不能正常使用，处于开发中阶段
Ikemen-Go项目地址：https://zh.osdn.net/users/supersuehiro/pf/ikemen_go/wiki/FrontPage
IkemenPlus的制作者在宣布IkemenPlus被废弃的同时，公开了基于Ikemen-Go的新项目：Ikemen-Go-Plus
Ikemen-Go-Plus项目地址：https://github.com/K4thos/Ikemen-GO-Plus
Paintown
除了Ikemen以外，还有一个开源的MUGEN克隆项目——Paintown，本身是一个横板闯关的2D引擎，但引入了MUGEN模式，该项目由kazzmir建立，开发语言为C++
Paintown支持很多系统，除Windows外有Android、Linux、OSX、Wii、PS3，移植性很强，最后更新时间为2018年4月11日，当前版本为3.6.0
Paintown的还原度并不如Ikemen，仍然存在一些问题
项目地址：https://github.com/kazzmir/paintown
游戏梦工厂
游戏梦工厂是由国人qingjun1991开发的MUGEN跨平台版本，使用C#.NET开发。支持Windows、Linux和Android，发布时间为2017年9月30日，目前持续更新，不同的是，游戏梦工厂是闭源项目
游戏梦工厂的还原度不错，但还是不如Ikemen，支持Z轴，也有很多用于调试的功能，对中文支持很好
项目地址：https://www.cnblogs.com/qingjun1991/p/7613414.html
其他克隆项目
除了上面所说的，还有两个项目，因为时间过了太久，具体的内容也无从参考
Z Game Engine
在国内以ZONT（N/A）为首的Z-MUGEN工作室开发，曾经开发到内测版本Alpha 0.5.1，由于硬盘损坏导致源代码全部丢失，开发最终在2005年3月中止
OpenMUGEN
由国外作者从2004年开始开发，Beta版本一直保持开源，直到2005年7月发布了Pre-Alpha版本后便没有了消息，而Pre-Alpha版本却没有公开源码，但也是第一个成功还原对战的版本
项目地址：https://sourceforge.net/projects/openmugen/
